Liberati dalle vessazioni morali di casa Pinardi e della Giardiniera era mestieri pensare ad una chiesa più decorosa pel culto, è più adattata al crescente bisogno. L’antica, è vero, erasi alquanto ingrandita, e corrispondeva all’attuale sito del Refettorio dei Superiori, ma era incomoda per la capacità, e per la bassezza. Siccome per entrarvi bisognava discendere due scalini, così d’inverno e in tempo piovoso eravamo allagati, mentre di estate eravamo soffocati dal caldo e dal tanfo eccessivo. Pel che passavano pochi giorni festivi senza che qualche allievo venisse preso da sfinimento e portato fuori come asfissiato. Era dunque necessità che si desse mano ad un edifizio più proporzionato al numero dei giovanetti, più ventilato e salubre. Il Cav. Blachier fece un disegno, la cui esecuzione doveva dare l’attuale chiesa di S. Francesco e l’edifizio che circonda il cortile posto a fianco della chiesa. Impresario era il Sig. Bocca Federico. Scavate le fondamenta fu fatta la benedizione della pietra fondamentale il 20 luglio 1850.